Debido a la falta de agua y a la ausencia de vías, el Desierto de Judá ha estado inhabitado en gran parte a través de la historia. Por consecuencia ha sido un lugar excepcional para aquellos que buscan refugio de sus enemigos o un retiro del mundo. Cuando David huyó del Rey Saúl, el se escondió en varios lugares del Desierto de Judá (Zif, Maón y Engadi forman parte del Desierto de Judá). Juan Bautista predicó aquí y parece probable que Jesús haya sido tentado aquí también. Herodes el Grande construyó dos fortalezas (Herodión y Masada) en esta área para protegerse en caso de una revuelta.

El Nahal Darga es el uadi más grande en el norte del Desierto de Judá, y es uno de los 5 más largos en todo el Desierto de Judá. Tiene 43 km de largo (27 mi) y desagua cerca de 230 km² (89 mi²). El Nahal Darga tiene una profundidad de hasta 200 m (650 ft). La mayoría de los uadis comienzan con un descenso abrupto de 100 m (330 ft), pero este desciende en una serie de caídas, cada una de menos de 10 m (33 ft). El agua se mantiene en pequeñas charcas al fondo de cada caída ya que el sol no puede tocarlas por que son angostas. Estas charcas son la fuente más confiable de agua en el norte de Engadi.

En el periodo bizantino, el Desierto de Judá se llenaba de monjes que buscaban vivir en aislamiento. Hay un libro que habla de este fenómeno tituladoThe Desert a City (por Derwas Chitty), que captura apropiadamente esta situación. En la cumbre del periodo bizantino (Siglo VI d.C.), habían aproximadamente 65 monasterios en el área. La distancia promedio entre los monasterios de la meseta del desierto era de 3.2 a 4.8 km. (2-3 mi), y eran unidos por una cadena de caminos.

Mar Saba fue fundado por Sabas en 483 d.C. y se convirtió en el monasterio más grande. Sabas comenzó a participar en la construcción de 10 monasterios, 8 de ellos en el Desierto de Judá. Mar Saba era un monasterio para los monjes que vivían aislados durante la semana pero en el fin de semana se reunían para orar en grupo e ir a misa. La mayoría de los monasterios fueron abandonados después de la conquista musulmana, pero Mar Saba fue uno de los pocos que sobrevivió. Un terremoto destruyó gran parte del mismo en 1834; bastante tuvo que ser reconstruido.

La Biblia describe el uso antiguo del camello principalmente como un animal de carga para los nómadas del desierto. Aunque exista controversia en cuanto a la fecha de su uso como tal, se sabe que fueron usados en Omán en 2500 AaC. También eran una buena fuente de leche pero no de carne. Los camellos pueden perder hasta un tercio de su peso en agua y reponerlo en 10 minutos. Sus jorobas (dromedarios/Arabes tienen solo una), masas de fibra y grasa, sirven como reservas de energía en largos viajes a través del desierto.

Cada primavera, el desierto florece-por un corto periodo. Luego el sol sale y todo se seca. Is 40:6-8 (LBLA) “Una voz dijo: Clama. Entonces él respondió: ¿Qué he de clamar? Toda carne es hierba, y todo su esplendor es como flor del campo. Sécase la hierba, marchítase la flor
cuando el aliento del SEÑOR sopla sobre ella;
en verdad el pueblo es hierba. Sécase la hierba, marchítase la flor, mas la palabra del Dios nuestro permanece para siempre.”